SMA Baitul Qur'an Yogyakarta merupakan salah satu sekolah boarding yang ada di Kabupaten Gunungkidul yang berdiri pada tahun 2020. SMA Baitul Qur'an Yogyakarta merupakan sekolah menengah atas yang menerapkan Kurikulum 2013 dan Kurikulum Merdeka dengan 3 rombongan belajar. Sejarah perpustakaannya pun mengikuti sejarah berdirinya SMA Baitul Qur'an Yogyakarta dengan pasang surutnya. Kini perpustakaan SMA Baitul Qur'an Yogyakarta dengan nama Cendekia BALQIS berdiri sebagai sarana pendukung utama kegiatan pembelajaran di SMA Baitul Qur'an Yogyakarta.